Cvjetajući kultuni život Pečuha uništili su Turci sredinom 16. stoljeća. Nakon poraza u bici kod Mohácsa (Mohač) stanovnike Pečuha čekali su teški dani. Nitko nije mogao zaustaviti divljanje turskih vojnika. Oni koji su to mogli poginili su u bici kod Mohácsa, drugi su pobjegli ili su iskoristili konfuznu situaciju, natječući se s Turcima u pljački. Područje Baranje i grada Pečuha ostali su nebranjeni. Kaos je postao još gori nakon podjele stanovnika oko pitanja tko će biti novi kralj. Mađarski dio populacije podržavao je kralja Istvána (Ištvan), njemački dio populacije Ferdinanda. Godine 1528. Ferdinand je oslobodio grad obveze plaćanja poreza dvoru narednih 12 godina, a u zamjenu za to zatražio je od građana da učvrste gradske zidine i osposobe obranu grada.

To nije imalo učinka, 1543. Turci su osvojili grad bez da im je pružen ikakav otpor.

No, bilo kakav otpor ionako je bio uzaludan. Gradske zidine su bile u takvo jadnom stanju da uopće nisu bile upotrebljive za obrambene akcije. Očevidac, povjesničar Istvánffy (Ištvanfi) napisao je povodom toga: ... ni priroda ni oružje nisu branili grad. Planina Mececus (Mecsek) izdizala se iznad grada i s nje je bilo veoma lako pucati po gradu. Zidovi i kule građeni su na staromodan način, ali ionako su napola bili u ruševinama... Istovremeno s okupacijom Pečuha skoro cijela Baranja je okupirana. Sve do 1566. Pečuh je pripadao pod upravu Mohácsa (Mohača), a nakon toga bio je dio Sigetvarskog vojnog okruga (sandžaka). Godine 1600. nakon okupacije mjesta Kanizsa (Kaniža) Pečuh je postao središte sandžaka.

Za vrijeme 143 godine koliko su Turci vladali gradom Pečuh je poprimio orijentalni karakter. Mađarska populacija lagano je izgurana iz dijela grada koji je bio zaštićen zidovima i naselila se oko crkve Svih svetih, južno od potoka Tettye (Tetje).

Predgrađe su naselili Turci, grčki trgovci, Bosanci i pljačkaši različitih narodnosti (Pljačkaška ulica), uglavnom Srbi, a koji su promijenili izgled grada u onaj koji je njima odgovarao.

Na trgovima su se pojavili orijentalni bazari (na glavnom trgu) i u glavnim ulicama u kojima su bile male trgovine obrtnika. Višebojna mješavina orijentalnog života uzela je svoj danak na kućama naslijeđenim iz Srednjeg vijeka. Nekad vojnički grad postao je grad trgovaca i obrtnika nalik bilo kojem turskom gradu, ali s balkanskom orijentalnom atmosferom. Baza industrije bili su obližnji mlinovi. Potok Tettyetu je odigrao važnu ulogu, uz njega sugrađeni mlinovi, a u njima su radili bosanski kožari pristigli s juga. Upravo su oni udarili temlje kasnije naširoko poznatoj pečujskoj industriji kože. Vinogradarstvo za vrijeme Turaka nije uništeno, naprotiv, poticano je novim kulturama (Kadraka). Značaj vina i voća rastao je uprkos neprestanom ratnom stanju. Orijentalna atmosfera širila se gradom usporedom s građevinskim radovima.

Stare kuće Turci su ostavili skoro nedirnute, osim što su podove pretvarali u orijentalne baš kao i prozore.

Stare kršćanske bogomolje prenamijenjene su (Franjevačka crkva), ili srušene (crkva sv. Bartolomea na središnjem gradskom trgu), zamijenivši ih džamijama.

Ustvari jedino što su Turci gradili bile su džamije i kupatila

1. džamija Gazi Kasim paše,
2. džamija Hasana Jakovalija,
3. Ferhada
4. džamija Elhadži Huseina
5. Džamija  Memi paše (Franjevačka crkva)
6. zajedno sa Szigeti vratima i džamijom sultana Sulejmana unutar dvorca također su bile preuređene crkve.

Izuzev džamije Gazi Kasim paše ostale su bile minornog značenja.

Turci su izgradili dva kupatila, jedno na uglu današnje Apáca (Opaca) i Király Lajos ulice (kupatilo paše Fehada)

i drugu na uglu današnje Ferencesek i Várady Antal ulice (kupatilo Memi paše).

Najluksuznije kupatilo na uglu Déryné ulice i Szécheny trga vjerovatno je prošireno u Srednjem vijeku, Turci su mu samo promijenili izgled. Velik broj zgrada pretvoren je u samostane i škole. Kao što je ranije napomento: mađarsko stanovništvo potisnto je u prigradska naselja gdje su konstano bili izloženi pljačkaškim upadima. Povremeno (npr. 1603.) i tatarskim napadima, koji su "provodili zimu" u okolici Pečuha. Pored njih morali su se suprostavljati i samovolji svojih turskih gospodara.

Dio mađarske populacije bili su obrtnici, zaposleni u konvencionalnim obrtima, uglavnom radeći za mjesnu mađarsku populaciju u susjednim selima. Dobar dio njih radio je na imanjima turskih veleposjednika. Neki su radili i u vinogradima ili ih posjedovali.

Do 1620. godine gradsko stanovništvo naraslo je na 5000, ali je taj broj značajno reduciran u drugoj polovici stoljeća. Tursko carstvo, čija je moć bila u opadanju nije bilo dovoljno snažno da obrani okupirane gradove te su stoga pljačkaši uništili sve što su mogli, a nisu poštedjeli ni mađarsko stanovništvo.

Godine 1644. pohod Miklósa Zrínyija (Nikole Zrinskog), pjesnika i ratnika, ostao je duboko usječen u povijest ovog područja. Razaranje je bilo kompletno kada je 1686. vojska koju je predvodio Louis od Badena napala Pečuh i okupirala ga.

U to doba grad je skoro poravnat sa zemljom. S time je završila turska stočetredesettrogodišnja vladavina. Nakon odlaska Turaka iz Pečuha može se reći da u samom gradu nije ostao kamen na kamenu. Grof Vecchi, zapovjednik grada, zapovijedio je da je sve na što se naiđe ratni plijen. Sukladno toj zapovijedi njegovi vojnici pokrali su ukrase s kupole glavne gradske džamije, sve slavine iz turskih kupatila, raskopavali su podove crkava u potrazi za blagom, a otkapali su i mrtve kako bi među njima eventuralno pronašli kakvo skriveno bogatsvo. Za to vrijeme grof Vecchi nije brinuo za poraženog "neprijatelja" - uglavnom Mađare koji su ostavljeni da umiru od gladi.

Danas možemo samo naslućivati kako je izgledao život nakon povlačenja Turaka. No, dva izvora daju nam kakve-takve podatke. Jedan je nacrt vojnog inžinjera Jozsefa Haüya (Jožef Hauj) na kojem je s priličnom preciznošću nacrtao vanjske rubove grada i zidine dvorca. Također je zabilježio kako je izgledao sustav gradskih utvrda, mrežu ulica, te turskih građevina - džamija, kupatila i bunara. Današnja mreža ulica gotovo je identična onoj iz 17. stoljeća, jedino je mala razlika u izgledu Glavnog trga (danas Szécheny trga). Drugi veoma bitan izvor jeste Okružni registar iz 1687., koji se dijelom odnosi i na Pečuh.

U Registru su poborojane oštećene i neoštećene gradske kuće, te o njima navedeni najbitniji podaci. U njemu možemo pronaći iznenađujuće podatke: unatoč žestokim bitkama, samo je nekoliko zgrada oštećeno ili pak s jako malim oštećenjima. To uključuje dvije trokatnice i četiri dvokatnice. Među neoštećene kuće spada 20 kuća od kamena, 22 od pletenog šiblja i 21 od drveta. Dvadesetdvije kuće bile su jednosobne, 19 je bilo dvosobnih, 17 trosobnih, a 13 kuća imalo je četiri ili više soba. Pedesetpet kuća bilo je prekriveno šindrom, pet je bilo prekriveno slamom, dvije su bile prekrivene daskama i dvije s crijepom. Neke od navedenih kuća postoje još i dan danas. One su obnovljene, preoblikovane i dana su im nova pročelja, prvo u barkonom, potom u romatničkom stilu te napokon u stilu secesije. No, interijeri tih zgrada još uvijek odišu srednjovjekovnom atmosferom. Kao primjer tomu možemo uzeti dvokatnicu u ulici Kossuth Lajosa (Košut Lajoš) na kućnom broju 17, a koja je u vrijeme opsade teško oštećena. Nakon opsade Kraljevski povjerenik uselio se u tu zgradu.

1848. - 1945.

Novosti o događajima u ožujku 1848. donio je lađar u Mohács, zajedno s kopijom nacionalne himne i Proglasom o slobodi. Vijesti, prolgas i himna stigli su u Pečuh 18. ožujka, te su se uskoro na gradskim ulicama pojavili plakati s natpisom: Živjela sloboda! Proglas je pročitan na zasjedanju Gradske skupštine. Narednog dana Gradska skupština objavila je javni skup na kojem se raspravljalo o proglasu te su izabrani počasni građani: Lajos Batthyány, Lajos Kossuth, Mihály Táncsics, Sándor Petőfi, Mihály Vörösmarty, István Széchenyi i József Eötvös. U zbivanjima 1848.-1849. Pečuh je imao drugorazrednu ulogu. Organizacija obrambene crte na rijeci Dravi povjerena je poručniku Kázméru Batthyányu, kasnije Kraljevskom povjerniku (imenovan 22. travnja) i baranjskom zemljoposjedniku naprednog svjetonazora. Kako su događaji velikom brzinom smjenjivali jedni druge Batthyány nije imao dovoljno vremena konsolidirati crtu obrane. Između 17. i 19. rujna dijelovi Jelačićeve vojske, kojima su zapovijedali zapovjednici Róth i Filipović, prešli su rijeku Dravu kod mjesta Sellye i neometano napredovali prema Pečuhu. Dana 24. rujna njihove trupe zauzele su grad bez ikakvog otpora, da bi ga potom napustile nastavljući na sjever ka Budimu preko Székesfehérvára. Glavinu ove vojske je razoružala Narodna garda kod mjesta Ozora. Ostatke je razoružala kod Oroszlána pečujska Narodna garda 27. rujna i zadržala ih kao ratni plijen. Konačno su carske trupe ušle u Pečuh 31. siječnja 1849. i smjesta proglasile u gradu izvanredno stanje jer nisu mogle slomili otpor stanovništva. Siromašni stanovnici predgrađa Budai i prvenstveno Bosanci konstanto su prkosili okupacijskoj vojsci. Nakon što su carske trupe napustile Pečuh revolucionari su se ujedinili s vojnicima narodne vojske, koji su u Pečuh ušli 12. Gradska i sveučilišna knjižnicalipnja, i pokušali organizirati obranu grada. Neprijatelj je ponovo zauzeo grad skoro bez borbe. To je značilo kraj revolucionarnim i ratnim aktivnostima u Pečuhu, ali je revolucija ostavila duboke tragove među stanovnicima. Dugo vremena Pečuh je bio centar lijevo orijentiranih pokreta. Aposlutističko porobljavanje zadavalo je teške patnje mađarskom narodu. Situacija je u Pečuhu također bila teška. Vojni sudac stigao je u grad i sa sobom je doveo krvnika. Vojni sud započeo je sa svojim aktivnostima, a nekoliko zgrada pretvoreno je u zatvore. Pedesetih godina 19. stoljeća ekonomski život Pečuha počeo se razvijati. U početku sporo, a potom sve brže. Tvornice i industrijski pogoni nicali su jedni za drugim. Time se Pečuh polagano pretvarao u industrijski grad. Pobrojimo samo najznačajnije proizvodne pogone koji su tada utemeljeni:

1850. Prva pečujska tvornica vapna i opeke

1852. Tvornica lončarije Imre Zsolnaya

1858. Pivovara Scholz i pivovara Hirschfeld (danas: Pannonia)

1858. Weidinger parni mlin

1859. Littke tvornica šampanjca

1861. Tvornica rukavica Hamerli

1862. Tvornica parketa Adolf Engel

1867. Tvornica orgulja Angser

1868. Tvornica Zsolnay

Inustrijski procvat grad zahvaljuje najviše ugljenu. Nakon što je 1769. otkriven ugljen, prava na iskop dijelom su prodana, a dijelom iznajmljena Prvom Dunavskom Parobrodskom Društvu (DGT) 1853. godine. Proizvodnja se nastavila bez povećanja inteziteta. Tvrtka je zapošljavala radnike iz Moravske, Češke, Kranjske, Štajerske, Srbije, Hrvatske, Tirola, Korinta, Italije i Njemačke. Do 1853. bilo je zaposleno samo 53 radnika, da bi se taj broj 1860. povećao na 774 radnika, a 1870 na 1.705. Godine 1880. broj radnika se penje na 2.613, a 1900. godine na 4.021 radnika. Rudari su živjeli u kolonijama koje jeutemeljilio DGT u Pécsbányi (Pečbanja), Vasasu (Vašaš)i Meszesu (Meseš). Mnogi od tih radnika bili su organizirani u sindikate, te su predstavljalipionire radničkog pokreta. Od 1880. godine njihova borba za povećanje nadnica dosegnula je nacionalnu važnost. Godine 1888., a potom 1907. značajni industrijski sajmovi održani su u Pečuhu. Onaj iz 1907. bio je od nacionalne važnosti. Blještave paviljone posjetile su stotine i tisuće ljudi. U sklopu održavanja sajma otkrivena je i statua Vilmosa Zsolnaya, osnivača tvornice Zsolnay. Početkom 20. stoljeća Pečuh je bio mađarski grad srednje veličine s razvijenom industrijom.

Krajem 1. svjetskog rata, Pečuh je postao središte antiratnog pokreta.

Dana 20. svibnja 1918. u gradu je privremeno smješten 6. bataljun 6. pješadijske regimente u vojarni na Trgu Irányi Dániel kojemu je potom naređeno da krene na bojišnicu. Treća pomoćna četa odbila je poslušati zapovijed te je uputila poziv drugim jedinicama i rudarima da im se pridruže. Broj ustanika narastao je na 1700. Kasnije im se pridružilo oko 150 naoružanih rudara. Uskoro je došlo do oružanog sukoba u kojem su ustanici razoružani, a njihove vođe smaknute. Unatoč revolucionarom raspoloženju u gradu više nije dolazilo do oružanih sukoba.

Godine 1918. na Széchenyi trgu izabrana je Nacionalna skupština, a u tvornicama su osnovana Radnička vijeća. Rastući revolucionarni val ugasile su srpske trupe koje su u grad ušle 18. listopada 1918. godine. Svi stanovnici Pečuha prosvjedovali su protiv okupacije, kao i protiv progona svih koji su zastupali progresivne ideje. Nakon gušenja Mađarske republike 1919. politika okupatora iznenada se promijenila. Samo prividno sklopljen je mir s ljevičarima. Revolucionarima je dopušteno da preuzmu vlast u okupranim dijelovima Mađarske, čak su i podržavani. Okupaciji je došao kraj 20. kolovoza 1921. kada su Horthyeve trupe umarširale u Pečuh. No, Hortyev režim nije Pečuhu oprostio njegov ljevičarski stav u doba okupacije.

Slijedile su godine štrajkova i prosvjeda koji su naizmjenično smjenjivali. Jedan od najkrvavijih događaja u vremenu između dva svjetska rata bioje period velike gladi 1937. godine kada su žandari pucali na nenaoržane rudare na prosvjednom skupu. Tri rudara su poginula, a nekoliko ih je ranjeno. Za vrijeme 2. sv. rata Pečuh je bio jedan od gradova sretnika. Nikakve bitke nisu se vodile u gradu. No, prilikom napada na Kraljevinu Jugoslaviju gradski je aerodrom (danas sprotski aerodrom) imao značajnu ulogu jer su s njega uzletali njemački avioni koji su bombardirali Beograd.